Gli anni che vanno dal 1470 al 1493 sono caratterizzati da una differenza di vedute tra san Francesco e la Sede apostolica. Il Paolano vuole l'approvazione di una Regola tutta propria perchè era consapevole che la sua proposta di vita evangelica era nuova rispetto alla altre già esistenti nella Chiesa e perciò non poteva essere espressa con nessuna delle Regole già esistenti.La sede Apostolica, invece, vuole che egli prenda una di tali Regole già approvate, magari integrate con norme proprie, per non venir meno al Concilio Lateranense IV, che proibiva l'approvazione di nuove Regole per non creare confusione. Nella trattativa esercita un ruolo determinante il re di Francia, la posta in gioco, implicita anche se non emergente, era proprio se il movimento di Francesco poteva avere i caratteri di novità, tale da meritare l'eccezione alle prescrizioni conciliari.
Il problema è superato da Alessandro VI che dichiara esplicitamente che la Regola che approva non creerà confusione nella Chiesa, ma darà invece una luce nuova.
La storia della redazione della Regola propria dell'Ordine dei Minimi, originale rispetto alle altre già esistenti tra gli ordini religiosi, si salda con la storia dell'evoluzione del carisma penitenziale di San Francesco di Paola.
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Agli inizi del movimento eremitico sorto a Paola non c'è alcuna Regola scritta: Francesco è la Regola vivente. Esistono, però, punti fermi nella vita che si conduce a Paola, come risulta nella lettera inviata a papa Sisto IV scritta dall'arcivescovo della diocesi di Cosenza mons. Pirro Caracciolo che li riassume così: vita solitaria, preghiera comunitaria ad ore determinate, lavoro manuale, povertà e mendicità, austerità varie, stretto regime quaresimale, per cui non mangiano carne e derivati, come il latte, uova, formaggi e ogni genere di latticini, condivisione caritatevole con i poveri.Avviata l'organizzazione giuridica del movimento, Pirro Caracciolo concede a Francesco di scrivere alcuni statuti per la stabilità e lo sviluppo del movimento stesso, avviato ormai verso una crescita che gli avrebbe fatto travalicare i confini della diocesi. Non si sa se Francesco abbia mai scritto questi statuti.
Il 26 febbraio 1493, dopo un intenso scambio epistolare tra Francesco e i pontefici Sisto IV, Innocenzo VIII e Alessandro VI, appoggiato da altre lettere scritte dal re di Francia, Alessandro VI approva la redazione della «Regola e vita dei frati dell'Ordine dei Minimi poveri eremiti di fra' Francesco di Paola». È la prima approvazione alla quale seguiranno altre tre redazioni e un codice disciplinare, chiamato Correttorio. Tutti regolarmente approvati dalla Santa Sede.
La I Regola contiene diversi passi desunti da Regole preesistenti: quella benedettina, agostiniana e francescana e dalle Costituzioni di fra Pietro da Pisa. Forse era un compromesso tra la richiesta di Francesco e le condizioni poste da Roma.Francesco presenta una Regola propria, ma composta per lo più con brani desunti da altre regole. Nonostante ciò essa offre un progetto chiaro nelle motivazioni e negli ideali e dai contenuti penitenziali ben definiti.
Attraversata la soglia del nuovo secolo, assorbiti i temi penitenziali scaturiti dall'esigenza di riforma e dalla paura di fine secolo, san Francesco riformula il suo progetto di vita in termini espressamente penitenziali.
Nel 1501 Alessandro VI approva la seconda redazione della Regola per i frati e la prima stesura della Regola per il Terzo Ordine. Il suo programma di vita e la sua tipica «sequela Christi» ruotano attorno al «fate frutti degni di penitenza».
E a dare più consistenza e maggiore espressività alla sua proposta penitenziale, legata alle «istituzione degli antichi padri», prescrive ai frati l'astinenza quaresimale con voto.
A distanza di un anno Francesco invia a Roma una nuova Regola sia per i frati che per i terziari; entrambe sono quasi identiche a quelle approvate l'anno precedente. È dibattuta tra gli storici la questione della motivazione di questa nuova approvazione.L'opinione prevalente è che l'approvazione precedente era stata fatta senza l'avallo del collegio cardinalizio. La Bolla di approvazione, infatti, a differenza di quella di approvazione delle Regole del 1501, menziona espressivamente questo passaggio nel contesto dell'iter canonico di approvazione.
Nel 1506, il 28 luglio, c'è l'ultima approvazione della Regola dei Minimi da parte di Giulio II.
Il Fondatore, preparata anche la Regola per il Secondo Ordine, le claustrali, procede alla revisione della Regola dei frati e dei terziari. Mentre quest'ultima è quasi identica a quella precedente, quella dei frati subisce una sostanziale rifacimento.
A questa Regola, inoltre, aggiunge un codice disciplinare, chiamato Correttorio, che viene approvato lo stesso giorno con una Bolla diversa.