In questi anni, insieme con la crescita numerica dei frati e dei conventi, Francesco si occupa con impegno nella determinazione della spiritualità del suo Ordine, scrivendo la Regola per il suo Ordine e chiedendone l'approvazione al Papa. Influenzato dalla letteratura apocalittica di fine secolo, egli si incamminava sempre più decisamente verso una formulazione del suo carisma in termini di penitenza, mentre alle origini esprimeva gli stessi contenuti con la terminologia eremitica della povertà. L'evangelico "fate frutti degni di penitenza", diventa il valore evangelico dominante a cui ispira tutta l'impostazione della sua proposta spirituale.La santità di vita di Francesco contagia i francesi e così i conventi si moltiplicano e aumentano sempre più i religiosi che si mettono al suo seguito. Ma anche in Italia l'Ordine comincia a crescere e aumentano anche i conventi.
Sarà proprio S. Francesco ad occuparsi della fondazione di due celebri conventi: quello di Genova sul colle Caldetto e quello oggi celebre della Trinità dei Monti, sul Pincio a Roma. Intanto altre fondazioni di conventi portano la sua nascente famiglia religiosa in Boemia, Germania e Spagna.
La freschezza evangelica della sua proposta di vita attira le simpatie all'interno dei movimenti riformatori e sono numerosi quelli che si aggregano al suo Ordine, il quale dal 1501 prende il nome definitivo di Ordine dei Minimi.