La morte arrivò, certamente attesa da tempo. Fu un eccezione in quel tempo una vita così lunga: 91 anni. Quando arrivò egli era nel pieno delle sue forze mentali e fisiche, anche se, quest'ultime, erano quelle di un vecchio. Era più che mai impegnato nella guida dell'Ordine: aveva da poco ottenuto l'approvazione della IV Regola, e stava preparando il Capitolo Generale per il dicembre del 1507: sarebbe stato importante perché dovevano risolversi i problemi relativi all'accettazione da parte di tutti della IV Regola. Sapeva che su questo punto esistevano tensioni tra i suoi frati.
C'erano inoltre le ultime fondazioni, ultima quella del convento di Bomiers, a renderlo particolarmente impegnato. Egli riusciva a tenere in mano saldamente l'Ordine, cercando in tutti modi, soprattutto parlando ripetutamente ai frati, di tenere ferma la proposta che aveva formulato nella Regola. E tutto questo lo faceva nel pieno possesso delle sue forze fisiche e mentali.
La malattia lo colse la domenica delle palme, il 28 marzo 1507, con una febbre insistente, che si andò aggravando durante la Settimana Santa, da non impedirgli, però, di recarsi da solo in chiesa il giovedì per ascoltare la Messa "in Coena Domini" e ricevere la comunione tra le lacrime.
Si ritirò in camera, dove convocò tutti i religiosi del convento, come era solito fare alla vigilia dei giorni di festa. Li esortò ad osservare la Regola, alla carità scambievole e soprattutto all'osservanza del voto di vita quaresimale.
Mentre parlava però, il supporto ove poggiava il braciere arroventato prese fuoco. Mentre si correva di qua e di là per evitare l'incendio e trovare un altro supporto, Francesco prese il braciere tra le mani e disse: "Come io posso tenere in mano questo braciere senza bruciarmi, così voi potrete osservare quello che vi propongo nella Regola, se amate veramente Dio".
Al venerdì mattina si fece leggere la passione del Signore secondo S. Giovanni, si asperse più volte con l'acqua benedetta, guardando ripetutamente verso il Crocifisso. Poco prima di spirare pronunciò l'ultima preghiera: "O Signore Gesù Cristo, buon pastore delle anime nostre, conserva i giusti, converti i peccatori, porta in cielo le anime dei defunti e sii propizio a me miserabilissimo peccatore". E così spirò.
Francesco morì il 2 aprile 1507 a Plessis-les-Tours, vicino Tours dove fu sepolto; era un Venerdì Santo ed aveva 91 anni e sei giorni. Il suo corpo fu sepolto nella chiesa conventuale di Tours.
.
Già sei anni dopo, Papa Leone X nel 1513 lo proclamò beato e nel 1519 lo canonizzò. La sua tomba diventò meta di pellegrinaggi, finché nel 1562 fu profanata dagli Ugonotti che bruciarono il corpo; rimasero solo le ceneri e qualche pezzo d’osso. Queste reliquie subirono oltraggi anche durante la Rivoluzione Francese; nel 1803 fu ripristinato il culto.
Già sei anni dopo, Papa Leone X nel 1513 lo proclamò beato e nel 1519 lo canonizzò. La sua tomba diventò meta di pellegrinaggi, finché nel 1562 fu profanata dagli Ugonotti che bruciarono il corpo; rimasero solo le ceneri e qualche pezzo d’osso. Queste reliquie subirono oltraggi anche durante la Rivoluzione Francese; nel 1803 fu ripristinato il culto. Dopo altre ripartizioni in varie chiese e conventi, esse furono riunite e dal 1935 e 1955 si trovano nel Santuario di Paola; dopo quasi cinque secoli il santo eremita ritornò nella sua Calabria di cui è patrono, come lo è di Paola e Cosenza.
Nel 1943 papa Pio XII, in memoria della traversata dello Stretto, lo nominò protettore della gente di mare italiana.
Quasi subito dopo la sua canonizzazione, furono erette in suo onore basiliche reali a Parigi, Torino, Palermo e Napoli e il suo culto si diffuse rapidamente nell’Italia Meridionale; ne è testimonianza l’afflusso continuo di pellegrini al suo Santuario, eretto fra i monti della costa calabra che sovrastano Paola, sui primi angusti e suggestivi ambienti in cui visse e dove si sviluppò il suo Ordine dei ‘Minimi’.